Autor do pedido aprovado pela Comissão, o deputado Luiz Carlos Heinze (PP-RS) levanta suspeitas nos custos das duas operações, alegando a possibilidade de gasto acima do normal. Na argumentação, o deputado disse que a usina de Marialva tinha sido comprada na sua totalidade pela Indústria e Comércio de Biodiesel Sul (BSBios) por um total de R$ 37 milhões, em setembro de 2009. Segundo ele citou, apenas dois meses depois, metade da usina foi vendida para a Petrobras Biocombustíveis por R$ 55 milhões. Ou seja, R$ 18 milhões a mais por 50% da usina.
Em 2011, a Petrobrás fez a segunda compra, colocada sob suspeita por Heinze, gastando um valor superior a R$ 200 milhões pela usina de Passo Fundo. O deputado quer que o TCU cheque se as operações foram legítimas e se houve algum tipo de superfaturamento.
A investigação ganha mais cores políticas a partir do fato que o então presidente da Petrobrás Biocombustíveis era Miguel Rossetto, que acaba de deixar a empresa para comandar o Ministério do Desenvolvimento Agrário.
Faz tempo que o deputado Heinze se interessa pelas compras das duas usinas. Em dezembro de 2012, Rossetto apresentou explicações sobre as duas operações em audiência pública realizada na Comissão de Agricultura a pedido do parlamentar, negando qualquer irregularidade nas compras. Na ocasião, Rossetto disse que ambas as compras foram submetidas à auditorias externas e que todas as negociações desse tipo são feitas com transparência.
"Todos os nossos investimentos são prévia e tecnicamente analisados por um conjunto importante de pareceres de comitês técnicos, que têm como base uma taxa de retorno mínima de todos os investimentos. Estamos absolutamente seguros quanto à qualidade dos investimentos e relação ao preço justo dos investimentos para a Petrobrás Biocombustível", afirmou Rossetto durante a audiência.